Τα ευρήματα των ανασκαφών της Θήρας από το Μαρινάτο και το Χρ. Ντούμα, ανάγονται στις περιόδους του κλασσικού πολιτισμού της αρχαίας Ελλάδας, του Μυκηναϊκού, του Μινωικού και ενός άλλου αρχαιότερου πολιτισμού, που ονομάστηκε Αιγαίος, Αιγαϊκός ή Αιγαιικός πολιτισμός. Ο όρος Αιγαιοπελαγίτικος πολιτισμός που καθιερώθηκε τελευταία, δείχνει τη συνέχεια του παμπάλαιου πολιτισμού με τον κλασσικό της αρχαίας Ελλάδας και το νέο πολιτισμό των κατοίκων των νησιών του Αιγαίου. Υπάρχουν, βέβαια, ορισμένα χαρακτηριστικά που ξεχωρίζουν τους πολιτισμούς. Υπάρχουν όμως και άλλα που δείχνουν την αλληλοεπίδραση των πολιτισμών αυτών και αρκετά στοιχεία κοινής ρίζας της τεχνοτροπίας τους. Όσα ευρήματα μελετήθηκαν, από τα παλιότερα ανάγονται στα χρόνια 2700-2000 της παλιάς χρονοαρίθμησης. Βρέθηκαν και άλλα που δε μελετήθηκαν ακόμα. Νομίζουμε πως μερικά και από αυτά που μελετήθηκαν είναι αρχαιότερα του 3000 παλιάς χρονοαρίθμησης, όπως πυξίδες, πρόχοι, “κιγονοειδή σκεύη” κ.α.. Η χρήση των τελευταίων είναι ακόμα άγνωστη...
Εκείνο από τα ευρήματα του Μαρινάτου που δεν προσέχτηκε πολύ, ήταν μια ανθρώπινη οδοντοστοιχία, που βρέθηκε στο Ασπρονήσι της Θήρας. Το μέγεθός της προδίδει πως ανήκε σε άνθρωπο γίγαντα, δυόμισι τουλάχιστο μέτρα ύψος με ανάλογα σωματικά μέλη. Προέρχεται από κάποιον Άτλαντα από τους αποικιστές της Θήρας;
Στο Αρχαιολογικό Μουσείο Αθηνών και στο Μουσείο Θήρας εκθέτονται ωραίες τοιχογραφίες της Σαντορίνης της 3ης χιλιετίας μέχρι το 1600 της παλιάς χρονοαρίθμησης.
Δεσπόζει μια χρωματιστή τοιχογραφία στην οποία παρασταίνονται εφτά πλοία, που περιστοιχίζονται από δελφίνια. Η διάταξη των πλοίων θυμίζουν αποβίβαση, ύστερα από ναυμαχία, σε μια καλοχτισμένη πόλη. Είναι ασφαλώς απεικόνιση γεγονότος, αλλά άγνωστης χρονολογίας.
Δυο ωραιότατα χρωματιστά αγγεία της Θήρας φέρουν ζωγραφιές ζευγάρια δελφινιών. Σ' ένα τέμενος της Θήρας βρέθηκε ένα ανάγλυφο πελεκημένο μεγάλο δελφίνι σε πέτρα (και άνω αρχαία μορφή). Μην ξεχνάμε ότι ο Πελάγιος Ποσειδώνας, πατέρας του Άτλαντα, κατά τον Πλάτωνα κλπ, συμβολιζόταν και απεικονιζόταν με το Δελφίνι, που λατρευόταν σαν τοτέμ σε νησιά πέρα από τις Ηράκλειες Στήλες και θεωρούνταν ιερό ζώο (Δελφίνος Απόλλωνας κλπ). Μια άλλη παράδοση αναφέρει πως ο Ποσειδώνας πήγαινε συχνά στη Θήρα, κι εκεί στο νησάκι Σφαίρα συναντήθηκε με την Αίθρα και γεννήθηκε ο Θησέας.
Στη Θήρα βρέθηκαν επίσης είδη από οψιανό, που τον χρησιμοποιούσαν οι πελασγοί και πιθάρια με ανάγλυφους σταυρούς. (Σε δυο βρέθηκαν υπολείμματα μπύρας). Βρέθηκαν ακόμα, κτίσματα, μονώροφα, διώροφα και τριώροφα με παράθυρα από μεμβράνες-κατεργασμένα δέρματα ζώων, λευκά, λεπτά, ώστε να εισχωρεί το φως ...
Ένας πανάρχαιος θρύλος, που τον διέσωσε ο Απολλώνιος Ρόδιος, αναφέρει ότι το νησί Καλλίστη σχηματίστηκε από ένα βώλο χώμα, που πέταξε στο Αιγαίο ο "Θήρας", γιος του Τρίτωνα, ανεψιός του Ποσειδώνα. Απ' αυτόν, το νησί αργότερα ονομάστηκε Θήρα. Ο Θήρας και ο αδελφός του Εύφημος πήραν μέρος και στην αργοναυτική εκστρατεία. Ο Εύφημος μάλιστα είχε σεβασμό στην ατλαντίδα Μαία, μητέρα του Ερμή και επέβαλε τη λατρεία της στη Θήρα, γιατί κρατούσε από τη γενιά της.
Άλλες παραδόσεις αναφέρουν πως στη Θήρα υπήρχε στα πανάρχαια χρόνια και ναός του Κρόνου και άλλος ναός του Ασφάλειου Ποσειδώνα. Στα Περισσά υπήρχαν ιερά του Ερμή, του Ηρακλή, του Σεράπιδος και της Ίσιδας.
Όλα τα στοιχεία αυτά πείθουν πως πολύ πριν κατακτηθεί η Θήρα από το Μίνωα, είχε αποικιστεί από άλλους θαλασσινούς λαούς από τους πελασγούς και παλιότερα προφανώς από τους Άτλαντες...